"La lunga tradizione di studiosi di geologia di origine bergamasca, lo stretto legame tra molte attività economiche della nostra terra con le risorse minerarie, il carattere di laboratorio dal vivo che il territorio bergamasco offre nei confronti della geologia" sono stati i presupposti per la creazione di un nucleo di ricerca CNR ad indirizzo geologico-ambientale in Bergamo. La sistemazione iniziale del nuovo istituto nel centro storico della Città Alta (Piazza Cittadella), grazie alla convenzione tra CNR e Università degli Studi di Milano, era stata scelta anche nella prospettiva di una collaborazione con il Museo Civico di Scienze Naturali "E. Caffi" del Comune di Bergamo.

Nei primi anni l'attività del CNR a Bergamo è prevalentemente didattica: la sede del CNR di Bergamo svolge un ruolo di sostegno per gli studenti  iscritti ai Corsi di Laurea in Scienze Geologiche e Scienze Naturali e costituisce un punto di appoggio per le escursioni sul terreno previste da vari insegnamenti. Il CNR organizza cicli di Conferenze volte alla divulgazione, stende una carta geologica di dettaglio del territorio comunale e inizia il rilevamento della carta provinciale.

Dall'inizio degli anni settanta il gruppo del CNR di Bergamo acquisisce nuovo personale e nuovi laboratori per la separazione dei minerali dalle rocce, permettendo lo sviluppo di attività di ricerca relative allo studio del metamorfismo in area alpina e del vulcanismo sia italiano che mondiale. Questi indirizzi hanno permesso l'assegnazione di tesi all'estero per molti studenti e la frequentazione di laboratori specializzati a neolaureati. In questi anni il personale CNR ha svolto anche attività didattica, partecipando alla vita culturale della città con attività divulgativa e iniziative specifiche rivolte alle scuole, quali corsi di aggiornamento, escursioni guidate per la conoscenza diretta del territorio, e sostegno per l'attrezzatura di laboratori e di collezioni.
Verso la fine degli anni '80 si è ripreso il rilevamento alla scala 1:50.000 di tutto il territorio provinciale mediante un apposito accordo tra Università di Milano, CNR e Provincia che si è completato nel giro di 3 anni.

A seguito della riforma del CNR (1999-2002) e dell'istituzione dell'Istituto per la Dinamica dei Processi Ambientali (IDPA) il Gruppo CNR di Bergamo è diventato un'unità territoriale dell'IDPA che afferisce al centro di responsabilità di 2° livello di  Milano per la gestione amministrativa.
In questo periodo è stato creato un laboratorio di palinologia-paleobotanica che ha dato un carattere di avanguardia alle ricerche rivolte alle ricostruzioni ambientali, climatiche e archeobotaniche. La Sede è frequentata da numerosi studenti provenienti da altre provincie lombarde. I risultati delle ricerche in questo settore hanno portato alla stesura di numerose pubblicazioni divulgative inerenti il territorio bergamasco.