L'Istituto per la Dinamica dei Processi Ambientali (IDPA) è stato costituito, in via sperimentale, con decreto del Presidente, in data 18 aprile 2001 (Provvedimento ordinamentale n. 15845) e poi confermato, pro tempore, su delibera del Consiglio Direttivo (25 luglio 2002, delibera n. 279), in data 17 settembre 2002 (Provvedimento ordinamentale n. 16340). L'atto costitutivo finale è stato siglato  il 16/03/2009 (Provvedimento n° 45).

IDPA è nato dall'accorpamento dal Centro di Studio sulla Chimica e Tecnologie dell'Ambiente di Venezia (CSCTA), dal Centro di Studio per la Geodinamica Alpina e Quaternaria di Milano (CSGAQ) e da un gruppo di personale dell'Istituto di Ricerca sul Rischio Sismico di Milano (IRRS) confluito nel CSGAQ prima della costituzione dell'IDPA.

Il nuovo Istituto si è costituito con sede a Venezia sotto la direzione del  Prof. Paolo Cescon, con una sezione a Milano. Successivamente, viste le richieste avanzate, il Direttore, sentito il Comitato di Istituto, ha costituito, con proprio decreto, l'Unità Staccata di Padova ed espresso parere favorevole al trasferimento di n. 7 unità di personale provenienti da altri istituti.


Attualmente, in seguito all'abolizione delle sezioni, l'istituto ha la sede centrale a Venezia e tre unità territoriali distinte: Padova, Milano, Dalmine, già sede decentrata della sezione di Milano.

Dal Dicembre 2010 il Dott. Alberto Marcellini è stato nominato Direttore "pro tempore".

La Sede di Venezia dell'Istituto per la Dinamica dei Processi Ambientali è la naturale evoluzione del "Centro di Studio sulla Chimica e le Tecnologie per l'Ambiente (CSCTA)", costituito nel 1994. Si tratta dunque di un Organo di ricerca di recente istituzione, le cui attività sono incentrate su moderne tematiche quali lo studio della contaminazione a livello planetario (meccanismi e processi di distribuzione ed evoluzione di microinquinanti, riconoscimento di nuove fonti di contaminazione), sulla messa a punto di nuove metodologie analitiche per lo studio degli inquinanti (speciazione chimica) e sullo sviluppo di tecnologie.

Venezia e la Laguna, per la loro specificità, rappresentano un'area emblematica da un punto di vista ambientale: si tratta di un sistema molto specifico e fragile fortemente influenzato, dall'attività antropica. È nel contempo un patrimonio storico-artistico dell'umanità che va salvato e un ambiente "naturale" di pregio da preservare.

L'importanza di Venezia dal punto di vista scientifico è sottolineata anche dallo scenario nazionale e internazionale di ricerca che si è andato sviluppando negli anni: sono infatti presenti enti di ricerca quali il CNR, l'Università e enti internazionali e sovranazionali che fanno della ricerca un loro importante campo di attività quali Unesco-ROSTE e Venice International University.

A Venezia sta inoltre nascendo una grande area destinata alla ricerca scientifica, ubicata nella zona dell'Arsenale, mirata allo studio delle scienze marine, dei processi ambientali e dei cambiamenti climatici, mentre l’Università Ca’ Foscari, presso cui è ubicata la sede di Venezia, si sta ampliando con nuovi spazi dedicati alla ricerca ed alla didattica anche nell’entroterra veneziano per favorire i collegamenti con le realtà produttive locali.

I finanziamenti delle Leggi Speciali per la difesa di Venezia dalle acque alte e dagli inquinamenti rappresentano significative opportunità per la ricerca scientifica nazionale.